级的书院，核心职能已不再是单纯的传授知识，更侧重于学术创新、专业精深与经世致用。
书院下设“经学院”、“物理院”、“化学院”、“史学院”、“律学院”、“算学院”、“医学院”、“艺学院”八个分院，涵盖了当时东宋所有的核心学术领域。
书院采用导师制，学生入学后，跟随对应领域的导师，进行深度研究与专题学习，力求培养出精通专业、能办实事的顶尖人才。
书院的入学门槛相对严格，原则上仅允许宋人进入学习；但对于天赋异禀的外籍土人，也留有一丝机会——他们可先报考书院，若被录取，可减免部分入籍所需的工作年限，待正式获取宋人身份后，再进入书院就读。
这些书院中，由朝廷创办的被称为太学，其中清华书院与国子监最为出众，汇聚了东宋最顶尖的导师与学子；
其余由民间创办的书院，仍沿用“书院”之称，其中格物书院最为杰出，其在化学领域的研究，处于东宋乃至当时世界的领先水平。
起初，沈倦舟曾有意将格物书院归入太学体系，统一管理、重点扶持，却被赵棫果断拒绝。
赵棫心中自有考量：私有财产神圣不可侵犯。
格物书院若是归入太学，以后说不得后世哪个笨蛋子孙便被忽悠着将格物书院算作朝廷公产，再也不能算作皇室私产——更何况，格物书院底蕴深厚、实力强劲，未必稀罕太学的称号。
更重要的是，赵棫心思通透，早已看透了文臣们的心思：先是用“天下皆为官家所有”的话语哄骗君主，让君主将皇室私产与朝廷公产混为一谈；随后再以“天家无私事”为由，将皇室私产逐步充公。
赵棫天资绝顶，自然不会落入这样的圈套。
新的教育体制推行之后，极大地提升了东宋的整体教育水平，既契合了儒学扩张传播的需求，也满足了工厂主们对大量技术人才的渴求。
因此，即便与沈倦舟分属不同学派的许修远，也没有提出反对意见，这场教育改革得以顺利推进。
事实证明，沈倦舟的教育改革极具远见。
这一全新的教育体制，为东宋培养了大量的儒学人才、技术人才与治国人才，使得未来东宋的科技发展突飞猛进，国力日益强盛。
沈倦舟也因此被后世尊称为“教育之父”，甚至有不少人将其奉为儒家第三位圣人，以彰显他在儒学传播与教育发展上的不朽功绩。