秦良玉抓获。此事传开后，百姓们对秦良玉更加敬佩，纷纷称赞她大义灭亲，忠勇可嘉。
崇祯十六年（1643年），张献忠率领叛军攻陷武昌，处死了楚王朱华奎，随后又率领大军再次进犯四川。秦良玉得知消息后，立即上呈全四川的形势图给四川巡抚陈士奇，建议他派兵坚守四川的十三个关隘。这些关隘地势险要，是抵御叛军的重要屏障。
可陈士奇却不以为然，认为秦良玉是小题大做，没有采纳她的建议。秦良玉不甘心，又找到了巡按刘之勃。刘之勃虽然同意秦良玉的计策，却无奈手中无兵可派。四川的精锐部队早已被杨嗣昌调走，剩下的士兵多是老弱残兵，根本无法抵挡叛军的进攻。
崇祯十七年（1644年），张献忠率领大军长驱直入，再次进犯夔州。秦良玉得知消息后，立即率领麾下的残兵前往救援。可此时的白杆兵早已元气大伤，兵力不足千人，面对张献忠的数十万大军，根本不堪一击。秦良玉率领军队奋勇抵抗，最终还是因寡不敌众，被叛军击溃。
不久后，张献忠攻陷成都，在成都称帝，建立了“大西”政权。随后，他派人招降四川各地的土司，许以高官厚禄。秦良玉的部下见大势已去，有的建议投降张献忠，有的建议率领军队转移，前往湖广等地投奔其他明军将领。
秦良玉却摇了摇头，她站在伏波将军府的大厅内，对着麾下的将士们高声说道：“我秦良玉一生为大明征战，我的兄长秦邦屏、弟弟秦民屏都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。如今大明虽危，我却岂能背叛大明，投降反贼！今日起，我与石砫共存亡，若有敢言投降者，斩！”
将士们听后，深受感动，纷纷表示愿意追随秦良玉，与石砫共存亡。秦良玉立即分兵，让将士们驻守石砫的各处险要，严阵以待。张献忠得知秦良玉拒不投降，又想起自己多次被秦良玉击败的经历，心中十分忌惮，虽然他势力庞大，却始终不敢派兵进犯石砫。
隆武二年（清顺治三年，1646年），远在福建的隆武帝朱聿键得知秦良玉坚守石砫的消息后，深受感动，特意派遣使节赶赴石柱，加封秦良玉为太保兼太子太保衔，封忠贞侯（钱海岳《南明史》记载为忠州侯）。与此同时，近在西南的永历帝朱由榔也加封秦良玉为太子太傅，任命她为四川招讨使，仍以镇东将军的身份督兵平定川中的叛军
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