秦良玉率领军队在重庆附近三四十里处设防，又派遣张令驻守黄泥洼。
秦良玉得知邵捷春的布防后，心中十分焦急。她找到已经辞官的绵州（今四川省绵阳市）知州陆逊之，感叹道：“邵巡抚如此布防，简直是自取灭亡！重庆附近的地形平坦，无险可守，叛军一旦来袭，我们根本无法抵挡。我身为大明将领，岂能与他一同战死，让叛军轻易占领四川！”
陆逊之听后，也十分担忧，却也无可奈何。他早已辞官，无权干涉军政。不久后，邵捷春将军营移至大昌，监军万元吉也率军屯兵巫山，与秦良玉的军队相互呼应。可即便如此，秦良玉依旧觉得不安，她深知，以目前的兵力和布防，想要抵挡张献忠的叛军，难如登天。
十月，张献忠率领叛军，先后在观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡过长江，向重庆方向进军。秦良玉和张令得知消息后，立即率领军队前往竹箘坪阻击。在战斗中，白杆兵将士们奋勇杀敌，挫败了叛军的前锋，暂时阻止了叛军的进攻。
可好景不长，张令在后续的战斗中不幸战死。秦良玉得知消息后，立即率军前往救援，却为时已晚。叛军趁机发动猛攻，秦良玉的军队寡不敌众，辗转作战多次，最终还是失败了，麾下的三万名士兵几乎全部战死。
秦良玉看着身边寥寥无几的残兵，心中悲痛欲绝，却依旧没有放弃。她单独求见邵捷春，建议道：“邵巡抚，如今叛军势大，我麾下的白杆兵虽损失惨重，但我还能调动二万溪峒的士兵。这些士兵个个骁勇善战，若能让他们参战，定能击破叛军。我愿承担一半的粮饷，剩下的一半还请官府支持。”
可邵捷春与杨嗣昌素有矛盾，又担心秦良玉的势力过大，再加上官府的仓库中早已没有现成的粮食，便拒绝了秦良玉的建议。秦良玉看着邵捷春冷漠的表情，心中充满了失望，只得叹息而归。
当时，摇天动、黄龙等十三家叛军在四川横行霸道，烧杀抢掠，百姓苦不堪言。更让秦良玉气愤的是，她的族人秦缵勋竟然背叛了大明，给叛军当了耳目，帮助叛军劫掠百姓。秦良玉得知此事后，立即派人将秦缵勋捉拿归案。可秦缵勋却趁狱卒不备，杀死狱卒，越狱逃跑了。
秦良玉怒不可遏，亲自率领军队四处搜寻。最终，她在一个山洞中找到了秦缵勋，并将他交给了官府处置。秦缵勋的手下也无一逃脱，全部被
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