申时行是状元出身，首辅之尊，明确拒绝了担任制科考官一事，就使得此事在朝廷上下感到震惊，以申时行的才学和资历，如果真的要想谋求制科考官这一职务的话，是极为容易的，但是申时行却选择了直接上疏朱载坖，表明了自己的想法。
申时行的看法是很简单的，他在奏疏中详细列举了自己不能担任制科考官的原因，第一就是自己不以经义见长，而本次的制科，乃是博学宏词科，所需要的是长于经义，博学多才的臣子，而自己常年埋头案牍，远离书本，学问没有长进，不配担任制科考官。
第二点就是要避嫌，现在大明的士子们都很清楚，一旦取中制科，那就是进入了升官的快车道，比之翰林院还要得到重用，部堂督抚都是等闲，所以制科在大明是极为受到追捧的，自己本就是首辅，如果再担任制科考官的话，未免不被人视为在培植党羽。
身处嫌疑之地，就更要立身持正才行，而且即便是自己不会利用担任制科考试考官的职务之便为自己培植党羽，但是只要自己的考官，那么所取中的制科考生必然会被人认为是申时行的党羽，所以为了避嫌，申时行认为自己不能够担任考官。
除此之外，申时行认为首辅是辅佐天下，治理天下的，重心应当放到政务上来，而不是参与这些考试，基于这三个理由，申时行认为自己不应当担任制科考官，对于申时行的奏疏，朱载坖予以同意，同时还赏赐申时行彩币、酒肉和蟒衣，以示恩宠。
申时行以这种方式将很多重臣谋求担任制科考官的道路给堵死了，同时将选拔制科考官的大权上收到朱载坖手中，朱载坖自然是要对申时行投桃报李的，申时行很清楚，自己担任首辅时间已经不短的，即便是在隆庆朝提倡阁臣久任的情况，自己的任期也已经到了要结束的时候的，所以越是在这个时候，越是要和朱载坖搞好关系，揣摩朱载坖的心思，给皇帝留下好印象，这样对于自己致仕之后和子孙后代都是有极大的好处的。
朱载坖这人有一个好处，就是对于有功劳的臣子，其子孙要是有能力的话，必然得到重用，即便是没有能力，朱载坖也会安排闲职，保其富贵，这也算是朱载坖和重臣们的一种默契吧，所以申时行在朱载坖提出开制科的时候就想到了此事。
这次的制科，不同于以往，这次开设博学宏词科的主要目的，是为了朝廷编撰经义、史学教材，
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