军机处的军机大臣们自然是很清楚有轨马车在军事上的作用的，不仅仅对于朝廷调动兵马，转运各种后勤物资有极大的好处，同时对于朝廷加强对于地方的控制也有极大的好处，所以军机大臣们是要求立即大修轨道，加强官军的机动能力，但是被朱载坖所制止了。
朱载坖很清楚，有轨马车并不是最好的解决问题的办法，虽然现在的有轨马车比之之前的马车有很大的进步了，但是仍然是有缺陷的，这种在轨道行驶的马车不仅乘坐时较为舒适，用这种有轨马车运送货物，马车的载重量还是普通马车的两倍。但它也有明显的缺点，即整个动力系统还是靠畜力，其运输效率较之于传统马车并没有质的提高，且铺设铁轨的费用又高。最重要的就是以骡马的力量大小，使得这些有轨马车只能在平原使用，一旦地形起伏过大，就不好用了，这点朱载坖是很清楚的。
不过这种有轨马车作为技术储备是很好的，大明要以这种有轨马车推动轨道的标准化，还有车厢等一系列技术的标准化，同时在这些战事结束之后，日常政务的处理则是照旧交给了太子，朱载坖的主要任务就是教导皇太孙和与朱载堉等人商讨有关科学之事。
朱载堉对于这个从西洋来的伽利略极为欣赏，他确实非常之博学，对于天文、物理、算学都极为精通，而伽利略在大明也觉得十分之自在，一来是在大明没人歧视他的日心说，相反在大明，很多人认为日心说是正常的，二来就是朱载堉、朱载坖对于他都十分之重视，对他十分之礼遇，物质生活也极好，朱载坖对于他的研究也极为支持，从朱载坖的内承运库里拔根毛都够伽利略玩很久了。
朱载坖甚至让他向皇太孙教授算学、物理、天文等常识，这在大明是前所未有的事情，很多翰林们是极为不满的，自己两榜进士，翰苑菁华，朝廷堂堂储相，陛下不让他们为皇太孙讲授，一个西夷，就因为会点天文、物理，就可以为皇太孙进讲，还有天理吗？还有法律吗？还有王法吗？
但是朱载坖依然故我，除了让伽利略等人进讲之外，徐渭、杨俊民等重臣也都奉诏轮番进讲，内阁辅臣们也是经常为皇太孙进讲，同时朱载坖还从武当山、天师府延请名师，与京军、锦衣亲军中的好手一道教导皇太孙习练武艺，参与京军训练，熟悉军伍之事，朱载坖认为，皇帝一定要控制住军队和钱粮，要是这两点
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