当然张元功在辽东做的这些事情是瞒不了言官们的，不少言官纷纷上疏弹劾张元功、严绍庭滥杀，他们两人也赶紧向朱载坖上疏请罪，因为这事毕竟是朱载坖以密旨的形式交代给他们两人办理的，朱载坖显然不可能承认此事的，朱载坖在收到两人的请罪奏疏之后，将首辅申时行、右都御史劳堪召到西苑。
朱载坖对他们两人说道：“现在张元功、严绍庭也上疏请罪了，他们都是为朝廷立下大功的人，朕自有处分，科道就不要鼓噪了。”
申时行、劳堪怎么不明白朱载坖的意思，朱载坖的意思是很明确的，此事到此为止，朱载坖不想在追究下去了，两位重臣都是人精，他们很清楚，张元功、严绍庭是没有这么大的胆子敢杀降的，最大的可能就是朱载坖事先已经授意他们两人了，女真多次叛乱，朱载坖也确实是忍无可忍了，对女真出重手也在申时行等人的意料之中，所以现在朱载坖才会出来要求科道闭嘴。
申时行和劳堪赶紧答应下来，而朱载坖也以上谕的形式对于此事做了一个评价，朱载坖认为，张元功、严绍庭本来剿灭女真叛乱，立下大功，本当重赏，但是其杀降一事，科道交章弹劾，朱载坖也认为此事性质极为恶劣，本当严惩，姑念有功，不予追究。
同时下达诏令，英国公张元功以少保兼太子太保总督六军营务，严绍庭官降一级，以中军都督府都督佥事任锦衣亲军都指挥同知署本衙事，西宁侯宋世恩出镇辽东，任提督辽东、大宁等处军务，恭顺侯世子吴汝胤升辽东总兵官，曹国公李言恭协理六军营务，兼领侍卫内大臣，宿卫宫禁。
明眼人都看得出来，朱载坖虽然语气严厉，但是实则对于张元功和严绍庭根本没有问罪的意思，他们本来也知道，张元功是堂堂英国公，那是很难被问罪的，但是朱载坖的这个处理办法也确实是刺激了很多官员，这哪里是问罪啊，分明就是升赏，张元功总督六军营务，比原来的总督京营戎政权力大多了，严绍庭也被召回京师，执掌锦衣亲军，虽然从职务上看确实是有所贬抑，但是都是实权职务，天子近臣，这就说明他们所做的事情大概率就是就是朱载坖所授意的，至少是朱载坖所默许的。
同时朱载坖命令军机处迅速将善后事宜解决好，在原本女真人的地盘上安排卫所屯垦，控制这些地盘，同时加强对于吉林都司等地的支持，对于人口滋生的地方，
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