对于这些屯田卫所，朱载坖对于他们的主要任务就是屯垦戍边，他们不必承担很繁重的军事任务，对于这些卫所，主要的目的就是屯田，所以对于他们的管理方式也要发生变化，朱载坖命令五军都督府对于这些卫所，尤其是卫所军官予以调整，将这些卫所军官，尤其是百户以上的军官打乱安排，千户及以上的军官甚是要调出本都司安排，通过这种方式，将这些卫所军官调离经营多年的老巢，这样才方便朝廷进一步的行动。
由于这些卫所的主要任务是屯田，为了防止再出现卫所军官兼并土地、私役军士等行为，朱载坖决定由户部、都察院和卫尉寺派出相应的官员，户部派出屯田郎中和主事，他们的任务主要是统计实有屯田的数量，保证朝廷的屯田不流失，同时要保证所有的军户有有足额的屯田可供耕种，而且朱载坖还命令改变以往的每军授田一份五十亩的通行办法，因为甘肃、宁夏等地有各地的情况，这些地方本来就是比较贫瘠，朝廷必须考虑到实际情况才行。
朱载坖命令在这些卫所当中按照实际情况灵活确定每军授田的亩数，由于西北苦寒，实际上每军授田的田亩数量应该比五十亩要更多，以八十到一百亩为宜，同时在这些军屯土地上要强制种植一定比例的备荒作物，如玉米、番薯等，保证备荒之用。
而都察院主要是派出清军御史，核实军籍，将各个卫所实有军户数目，每户授田情况等加以统计，同时对这个卫所予以监察，防止卫所军官私役军士和侵占屯田等的情况发生，同时对于这些军屯卫所，同样也要实施考成法，对于屯田的数量，军户人数等，都要予以考成，不能够完成的，一样予以惩处。
而卫尉寺则是负责维持军纪，尽管这些屯卫一般不参与军事任务，但是作为朝廷的卫所，基本的军事训练还是要参加，在农闲时节要召集正军和军余子弟训练，相关的军械、装备、弹药等物由朝廷保障，同时在镇协官军数量不足时，也要优先在各卫所征募兵员，卫尉寺和清军御史也要负责对于官军征募士卒中的监察，还有就是对于镇协官军士卒的各项优抚措施实施的监察，对于敢于欺压士卒军属的，一律由卫尉寺而不是地方官府处理。
同时还要充实这些屯田卫所的军户数量，招募地方的流民和无地百姓，授予田土，官给农具、种子等物，帮助他们屯垦，在农闲时正军和军余子弟
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