中的战斗便趋于结束，大批的明军士兵和仆从军士兵包围了城内的总督府，并且调运来了数门虎尊炮，直接对着总督府的大门近距离轰击。
轰！
总督府的大门应声而倒，大半个大门都被虎尊炮的散弹击碎，残存的一块门板也倒在地上桄榔了几下。
“杀进去！”
大队的明军将士和仆从军士兵蜂拥而进，守卫在总督府内的残存荷兰士兵抵挡不住，在明军大量燧发鸟铳的射击下纷纷倒地。
幸存的一些荷兰士兵此时已经被吓破了胆，一些荷兰士兵有样学样的跪地求饶投降，一些荷兰士兵则像是苍蝇一般到处乱窜。
而总督简·皮特斯佐恩·科恩此刻就站在总督府里面的一座三层楼上，透过窗户看到外面蜂拥冲进来的明军将士，简·皮特斯佐恩·科恩的脸上写满了绝望，一向被荷兰人视为“永不陷落的城堡”的巴达维亚城，竟然如此轻而易举的就被明军攻陷的，这种局面让简·皮特斯佐恩·科恩一时之间无法接受，随后猛地打开窗户，从三楼一跃跳了下来。
此时一队明军将士正好冲到这里，其中一名百总看到地上摔得血肉模糊，还趴在地上不断吐着血沫子的简·皮特斯佐恩·科恩，其身上还穿着总督服饰，这名百总当即就笑着对部下说道：“这应该是一条大鱼了！”
说完，那名百总就一枪结果了简·皮特斯佐恩·科恩，一名旗长更是拔刀将简·皮特斯佐恩·科恩的脑袋砍了下来。
经过一天的激战，荷兰人盘踞多年的巴达维亚城被明军攻下，郑成功随即下令对巴达维亚城内外进行清剿，并且开始清点各类缴获。
在随后的两个月时间里，郑成功就停留在巴达维亚城，开始指挥各部将士以及仆从军士兵，对爪哇各地进行梳理和清剿，同时稳定北面的吕宋各地。
而到了后来的崇祯二十七年七月，接到南洋大捷的消息，刘衍大喜之余，也召集内阁议事，紧接着就下达了建立吕宋都护府、爪哇都护府的命令。
当然，这些都已经是后话了。而就在郑成功这一路明军大获全胜的时候，李定国部与魏汉部也与英国东印度公司的大军展开了血战。