在重建秩序的过程中发挥重要作用的小林彻忽然切断了和美军的一切联系、就此下落不明，随后发生的自卫队叛乱则迫使驻日美军自行接管日本；今年7月重回九州岛的小林彻则否认了上述说法，坚称自己当时只是恰好病倒——美军以此为借口强行认定自己丧失了处理政务的能力，并趁机采取武力手段消灭了日本的主权，其中包括暗杀幸存的内阁成员、镇压和解散自卫队、派遣美军士兵乔装打扮成来路不明的武装人员杀害大量东京市民以制造恐怖气氛。前一种说法在国际社会上广为人知，后一种说法则因GHQ严密的信息封锁而主要流行于对GHQ心怀不满的日本人之间。
考虑到GHQ和小林彻双方败坏得可以相提并论的信誉，罗根不打算轻易相信其中的任何一种说法。事实上，他也并不认为麦克尼尔心心念念的真相会在这样混乱的时代里具有多么举足轻重的意义。往事终究是往事，沉湎于过去无益于突破眼前的困境。
无论2029年12月底至次年1月期间究竟发生了些什么（若是再把导致日本政商界大人物恰好在那一天齐聚六本木的六本木坠机事件考虑在内，则日本秩序不可逆转的崩溃可以追溯到2029年11月），可以确定的是，到驻日美军镇压自卫队叛乱为止，除大阪地区尚且能勉强支撑外，日本各地都因中枢机构人间蒸发、钢皮病疫情蔓延而陷入了百年来前所未有的混乱中。此前，由于日本历届内阁都未能采取有效措施应对钢皮病疫情，最先出现在日本的天启病毒已经传播至世界各地，而源质基因公司的研究表明日本境内还存在经历了多次变异后更加危险的毒株。于是，为防止长期来看本就不乐观的全球防疫工作因日本持续对外释放不稳定因素而受挫，UN在合众国推动下通过了建立第二GHQ的决议、授权该机构在日本的局面恢复稳定之前全权负责日本境内的一切事务——第一GHQ成立时，日本尚有可以正常运转、保持相对独立性的内阁，遗憾的是21世纪30年代的日本并没有20世纪40年代的日本那么好运。
第二GHQ成立后，充任GHQ高层的文官和军官们很快发现，仅凭驻日美军根本没法控制住日本的局面。当然，呼吁UN各成员国向日本派遣维和部队不失为一种减轻自身负担的方案，但源质基因公司在日本取得的收获以及第一代天启病
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