只可惜后来大势已去，张献忠三十万大军入川，兵多势众，连石柱名将秦良玉（秦翼明的姑母）都没能挡住他们。
但即便是这样，秦翼明依然率领川东兵马，增援重庆四处出击，多次击败张献忠主力。
清军入关，张献忠迅速崩溃，秦翼明和姑母秦良玉则坚持在川东坚持抗清。
1648年，秦良玉率三万明军，在重庆地区，跟清军决战，三万兵马，几乎全部战死。这位74的女将身中数箭依然率领马队向鞑子发起了最后冲锋，最终力竭而亡。
秦翼明和秦良玉的孙子马万年，则坚持到了顺治十六年，1659年。
“好，即刻派人前往石柱地区传旨，启秦翼明为四川总兵，加封威通伯，总领全省兵马。”
除了秦翼明。
朱慈烺还启用了两个人。
樊一蘅和杨展。
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