皇帝明神宗，控告传教士，罪状主要有三方面：
1、传教士送礼物给中国人是为了收买人心，以致在适当时候可以倾覆中国。
2、传教士曾帮助中国修历，推算日蚀、月蚀等日期。沈灌认为传教士以西洋方法治历，违反尧舜一向的做法，是有意变乱中国传统。
3、沈指控传教士破坏儒家文化，教导人不拜祭祖先，这更是中国人不能容忍的。
朝廷最后下令「禁教」，勒令将传教士驱逐出境。于是传教士有些被杀，有些下在监里，日后又被驱逐出境。
值得一提的是，这批传教士的到来给中国历法带来了非常深刻的影响，简单来说，中国传统历法，从元朝的《授时历》到明代的《大统历》，其基础是「代数学」方法。它通过观测和修正大量经验参数，用复杂的算法去拟合天体运动。这就像用无数个一次函数去逼近一条曲线，短期内很准，但时间越长，误差累积越多。
到明末，《大统历》已使用超三百年，从未修正模型，只是机械套用，自然错漏百出。这代表著中国传统历算体系已经触及了天花板，再努力也难有质的飞跃。
而此时的欧洲已用几何学为天体运动建立物理模型，他们带来的第谷体系，把日月星辰的运行，理解为可以用几何图形精确描述的空间运动，这更接近宇宙的物理本质。
传教士将这种几何宇宙模型带到了明朝，然后搞出来了一套更为精确的历法。
至于这套历法的影响————
冷知识，清廷任用耶稣会传教士掌管钦天监将近两百年之久。
也就是说有清一朝，历法这一块基本上都是洋人管的。
不过这件事显然也经过了不少波折，毕竟钦天监这么重要的部门，岂能让洋人染指？
于是在顺治十六年，反对西法制历的杨光先即作《辟邪论》，指斥天主教为「邪教」，次年又上疏斥责汤若望在《时宪历》封面上题写「依西洋新法」其目的是「借大清之历以张大其西洋，而使天下万国晓然知大清奉西洋之正朔」。
康熙三年，杨光先又作《不得已书》称：「宁可使中国无好历法，不可使中国有西洋人。」
传教士利类思又作《不得已辩》批驳。杨光先上书参汤若望「潜谋造反，邪说惑众，历法荒谬」，得到鳌拜等人的支持，汤若望被判死刑，南怀仁等被驱逐出境。
不过等到康熙这老麻子亲政，他为汤若望平反，重新启用
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