朱载坖的要求是很简单的，就是朝廷必须加强在西南的统治，有步骤的削弱这些土司的实力，使得他们的不能对朝廷构成威胁，围绕此事，大明朝廷各部院展开了讨论。
首先上疏的是左都御史海瑞，海瑞是有着丰富的地方行政经验的，他在奏疏中认为：“募耕垦以资粒食，悬赏格以广招徕，戮讹匿以定烦嚣，差遣以绝需索，清邮递以节虚费。”就是要对人口、赋税、钱粮予以清查，同时要对于贵州的土司进行甄别，对于忠于朝廷的土司和附和杨应龙的土司要予以分门别类的处理。
海瑞在奏疏中说道：“环黔皆苗，安能尽杀？御以威信，总是良民。况六卫腴土尽多，全赖此辈耕垦，土司忠义亦尽有人。”
尤其是要约束官军，不能大开杀戒，官军在战场掌握绝对主动权后，还有将领不分顺逆，随意杀害百姓，杀良冒功。这种杀戮进一步恶化了贵州民族团结与地方稳定，严重掣肘了人口的发展和社会经济的恢复。
户部尚书鄢懋卿也上疏认为：“驭蛮夷之道，惟当安近以来远，不可因恶以累善，非实在左验，不宜捕戮。”对于这些土司，要予以甄别，一方面维护了忠顺土司的利益，拉拢在态度上犹豫、摇摆的土司；一方面打击和削弱反叛势力和，以儆效尤。
同时推行分土世官的制度，将这些土司的力量予以分散，分土世官由分土世守和分官世职两部分组成。分土世守即是将宣慰司土地抵作军饷和赏银，分给有功官兵世代耕种；归顺的夷目汉把所拥有的私土，仍由其自行耕种。分官世职则是对有功将士，根据军功授与官职，归顺的夷目汉把，在量土授职的基础上，结合其在地方上的影响力，以及在朝廷平叛期间的表现，授与相应的流官职位，可世代承袭。
这样一方面将大土司的力量予以削弱，另外将部分将士就地安置，增加朝廷的贵州的力量，团结大部分的中小土司，先将大土司变成中小土司，降低朝廷改土归流的难度，就是将分土世官作为朝廷改土归流的前置程序，这样可以降低改土归流的难度。
对于仍旧不恭顺的土司，那就只有采取军事打击的手段了，兵部尚书汪道昆上疏到：“各夷致起叛目之衅，穴斗不休。一旦夭亡，天实绝之，当夷运告终，机会可乘之日，即迅发一旅犂庭扫穴，以除积恶而快公忿，似亦机势之可乘。”对于那些敢于造反作乱的土司，
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