由五府上奏皇帝请旨。选定后，经府下达都司卫所。首领官之选授和给由，皆由吏部。
其它如武官诰敕、水陆步骑之操练，军伍之清勾替补，俸粮、屯费与屯种之器械、舟车，军情声息，边腹地图文册、薪炭荆苇诸事，与相关机构会同处理，各府只有统兵权，调兵之权在兵部，每逢战事发生，由皇帝命将为帅，调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝，兵回卫所。
但是实际上现在的五军都督府，各项职权早就被兵部和其他衙门所侵夺了，根本没有实际的权力，朱载坖也不可能再恢复五军都督府这么大的权力。
朱载坖认为部分恢复即可，主要是要保证卫所官军有一定的战斗力，能够有效应对地方可能出现的各种威胁。