同时要改变募兵制度，之前士卒由将帅私人召募，训练和统属。随着将帅手中兵权的增长，作为将帅私属的家丁，也随之日益膨胀起来，再发展下去就是藩镇了，这是绝对不能容忍的。
朱载坖同时要求练兵军务处在制定废除家丁和整顿各镇亲兵中军的条例之后，还要制定一整套征兵、训练、分配、退伍的细则，将征募士卒等一些列权力收归兵部，借以控制各镇，加强朝廷对于军队的控制。
朱载坖随后发布禁革家丁随任诏，在诏书中，朱载坖明确指出，之所有会有家丁的出现，原本是为了护将倡勇，朱载坖指出：“盖家丁之设，两军相接全恃将勇，将勇则兵亦作气随之。然将亦非恃一人之勇也。必有左右心膂之骁悍者，协心并力，始气壮而敢进。将既进则兵亦鼓勇争先，此将帅所以贵有家丁亲兵也。”
朱载坖肯定了家丁的作用，在嘉靖朝对俺答的作战中，九边将帅利用家丁还是达到了很不错的效果，这是应当予以肯定的。
但是朱载坖随后就在诏书中直接指出家丁制度对于朝廷的威胁，朱载坖在诏书中毫不客气的指出：“盖查家丁之制，其始则出于战国之阴养死士，汉李陵之荆楚剑客亦其类也，盛于唐藩镇之牙兵，谓之外宅，至结为义子，至于五代，纲纪沦矣！是故家丁非国朝长久之策也。”
朱载坖直接点出家丁制度可能给大明带来的害处，同时列举家丁制度可能出现的种种问题，然后就是怎么处置家丁了，按照朱载坖和练兵军务处商量的，首先是禁止将帅豢养家丁，私自招募家丁，朱载坖在诏书中明确说道：“盖士卒之征募，行伍之选取，皆系要务，岂可轻掷？著令各镇各将与督抚详细商议，本镇官军实在多少，退伍多少，需补多少，一一开具，由兵部会处。”
朱载坖不仅仅是剥夺了大将招募家丁的权力，连各边镇招募士卒，也要受朝廷的指挥，避免出现兵为将有的情况。同时就是禁止家丁随任，军官赴任不再允许携带大批家丁，而是自行上任。
对于现有家丁的处理，则是登记造册，编入各镇、各营中军亲兵中，对于立有战功的家丁，各级将领具本拟来，兵部量才使用，对于武艺出众、略通文墨的，允许游击以上的将官举荐赴国子武学读书，待结业之后，以试百户衔回本部听用。
虽然朱载坖废除了家丁制度，但是也给了将领们保送部分家丁进入国
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