对于赵贞吉的看法，理藩院署院事茅坤并不认同，他对朱载坖说道：“陛下，臣以为事涉宗系，于朝鲜为至重之事，于大明亦是如此，大明为天朝上国，理应辨明冤枉，若事情属实，可以安抚朝鲜，使之诚心归顺，若事不属实，则以明示朝鲜，以绝其望也！”
茅坤认为大明应该重视此事，将此事认真的查一查，若是属实，就应该予以改正，正好可以安抚朝鲜，若是朝鲜人编的，也好让朝鲜人不再纠缠此事了。
朱载坖认为茅坤说的确实是个办法，便命令翰林院、礼部、理藩院详查此事，将此事的来龙去脉搞清楚，由大学士陈以勤负责此事。
同时给朝鲜下旨，他们既要申诉所谓的宗系辩诬之事，就要向大明提供相应的证据来说明此事，同时令王锡爵在朝鲜就近调查此事。
很快翰林院就将皇明祖训上的有关朝鲜宗系问题的由来搞清楚了，并且条陈上疏到朱载坖的案头了，李成桂在正式篡夺高丽政权之前，先是拥立了一个傀儡恭让王，这引起了当时仍然忠于高丽的一些臣子的不满，两个高丽官员尹彝、李初逃到明朝，控诉恭让王非高丽王室子孙，而是李成桂的姻亲，在废立后图谋侵犯大明，又说李成桂是高丽已故权臣李仁任的儿子，希望大明能出兵讨伐。
虽然太祖皇帝并没有出兵，但是相信了这两个高丽臣子的话，认为李成桂是李仁任之子。
因为在太祖眼中，高丽也算是比较亲近大明的藩属了，朱元璋即位之后便遣使赐玺书，又送还高丽流人，向高丽表达和平诚意，高丽国王王颗也向大明朝贡，接受大明册封，奉明正朔。所以最开始太祖认为高丽人知经史，文物礼乐略似中国，非他邦比。
但是很快，高丽国内政局就发生动荡，亲元的李仁任弑君，另立国王，再次向大明请求册立，这导致了朱元璋的不满，朱元璋当即拒绝了李仁任的要求，并且说道：“其弑君已久，今始请谥，将假吾朝命，镇抚其民，且掩其弑逆之迹，不可许。”
由此大明和高丽的关系急转直下，李仁任等亲元势力膨胀，崔莹秉权后又有攻辽企图，洪武二十年，大明在辽东设置铁岭卫，激起了两国在辽东边界上的冲突，高丽国王停用洪武年号，恢复元朝冠服，命令崔莹、李成桂率军进攻辽东，李成桂认为不能和大明开战，于是发动兵变，弑君杀臣，先后立辛昌、王瑶为王，李成桂掌控高丽
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