对于司农院要求大量增加州县仓储的要求，朱载坖也予以了否决，朱载坖的看法其实是很简单的，州县的仓储过于零散，朝廷的监管其实是很难的，尽管朝廷派遣的巡按御史、巡仓御史等加以监察，同时将地方布政使司中管理常平仓的衙门予以单独列出，成立了提举盐茶常平公事司，但是对于州县官吏来说，指望他们奉公守法，完全不去动州县的常平仓和备荒仓，难度着实有些大，所以朱载坖认为，应该在一些通衢要地，建设由司农院直接管辖的大型备荒仓，囤积大量的粮秣，由朝廷直接管理和控制。
这样的话，就建立起朝廷-区域仓储备荒-州县常平仓、备荒仓的三级储备体系，州县常平仓、备荒仓主要是用于小型的灾荒和平抑小范围的物价波动，而应对大规模的灾荒，主要是依靠朝廷在区域所配置的大型仓储机构，京通仓则是朝廷的最后一道保险了，是朝廷赖以救济波及数省的大规模灾荒所用的最后仓储了，是朝廷绝对的最后一道保险。
所以朱载坖要求司农院和工部商定具体的仓储地点，经过司农院和工部的商量，决定在开封府、沈阳府、太原府、兰州府、西安府、应天府、武昌府、成都府、广州府配置朝廷的区域性备荒仓，同时也要调整这些仓储结构和制度，这些储备粮食的仓库，最怕的就是潮湿，这些粮食，都是灾年时赖以救命的粮食，所以在朱载坖的要求下，对于这些大型备荒仓，从选址到建设都必须极为谨慎。
仓储必须在高燥之处为防止内涝和潮湿，粮仓大多选址在地势较高的地方，或人工夯土筑起高台。诸仓窑，皆于城内高燥处置之，同时对于这些木板等，要用沥青或者是煤焦油加以防腐防潮处理，保证存粮不能受潮。
同时对于这些存粮，也要加强管理，带外壳的原粮耐储，不宜腐烂变质，也便于储存，这点是多年来的经验，而除此之外，就是轮换制度，唐宋时期规定，粟藏九年，米藏五年；下湿之地，粟藏五年，米藏三年，皆著于令。司农院也根据现在大明的实际情况，要求常平仓原则上每年销售1/3的库存粮食，仓内有不宜存陈粮时，可提高出售比例。
而且对于常平仓中所储备的粮食种类，朱载坖也要求进行详细的规定，除了用作食用的粮食及其制品之外，还有就是种粮，除了各种的粮食作物之外，还有各种备荒作物的种子，这些也是朝廷应对灾
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