从朝廷和皇帝的角度来说，朱纨当时的行为，就是擅杀无疑，而且朱纨是自杀的，在其死后，朝廷并没有再进行追究了，这确实是一个很重要的问题，作为右都御史，劳堪认为自己还是有义务将此事说清楚的，劳堪说道：“陛下，臣审得此事，朱纨之自杀，原因有三，贪昧隐忍，茹柔吐刚，上不能塞责，下不能取容，一也；漳捷既传，贼徒警动，一时航海者数千家，城中聚观者，日以万数，仓卒祸起，必坐激变，二也；身不知退，被论逐回，三也。”
对于此事，劳堪的评价还是比较客观的，朱纨的死，确实是和这些所谓的闽粤豪商脱不了干系，但是朱纨自己的性格特点也确实是造成了这个悲剧，这点确实还是比较中肯的，朱纨在被弹劾之后就显得极为焦躁，多次在给同僚的书信中说道：“不死盗贼之手，必死笔舌之锋。”
当然，在其中出力最大的就是这些闽粤等地的官僚们，在朱纨之死中，兵部侍郎詹荣起到了极为重要的作用，詹荣在给朝廷上疏中说道：“夷船初在旧浯屿地方，及逐出复回灵宫澳下湾，曾否登岸及的海打劫杀人？所开纸帖、货帐是否居民勾引接买启卹？该地方官员曾否为其追理？及查往年夷船突至沿海劫掠，及止作买卖未曾劫掠者，各应得何罪？该省相沿旧规作何处分，应否即行擒杀？再照前项夷贼虽称敌获，被伤兵伕，有无隐匿失事重情？斩获贼犯首级是否真正？生擒夷王党类作何审处？交通内应贼犯是否情真，有无枉误？”
对于朱纨进行了极为严厉的弹劾，如果说时任兵部尚书翁万达是迫于乡党的压力在这件事情上顺水推舟的话，那詹荣就是积极促进此事，在其中上蹿下跳，必欲扳倒朱纨，詹荣以“福建多贤之乡，廷论素所倚重”，在朝廷中造势，营造出朱纨在福建荼毒士绅的形象，然后又借由朱纨擅杀一事，将此事闹大，想要将朱纨扳倒，这点确实是很清楚的事情。
劳堪说完之后，王锡爵赶紧说道：“陛下，朱纨奉旨行事，漳人大恐，有尽室浮海者，日走往聚观诸俘，偶语藉藉，逾时乃定。捷闻，则与连者无所释憾，反疏言其擅杀作威，此岂朝廷待功臣之道也？”
朱载坖问道：“当年此案，如何了结的？”
劳堪向朱载坖详细汇报了此案的了结过程，经过科道的行勘，认为朱纨身负大罪，反上疏告捷。而卢镗、柯乔与朱纨相佐，应以首犯论处，
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