朱载坖于是决定赐武田胜赖以安姓，赐名为安恭诚，加封武田胜赖为龙虎将军、都督佥事、倭奴都统使司副使，给钱十万，甲胄三百，火铳三百等赏赐，表明大明对于武田胜赖的重视，而对于方逢时倭奴都统使司七宣慰司的设置，朱载坖也予以同意，命令方逢时在倭奴酋长之中选择恭顺的酋长担任宣慰使。
除此之外还是要加强大明在倭国的存在，充实卫所，加强朝廷对于此地的控制，对于大明在原倭国上所设立的府州县，朱载坖命令设立安东布政使司、按察使司、提学使司等衙门予以管理，与安东都指挥使司一道构成大明的行政、军事体系，同时在安东布政使司开科取士，将这些倭奴酋长的子弟选送各级学校和国子监学习，加强对于他们的同化。
同时对于不恭顺的酋长，要立即采取措施，会同倭奴都统司出兵征讨，由于现在的倭奴都统使年龄尚小，不能履行职务，朱载坖命令倭奴都统副使安恭诚暂代都统使，统辖各土司，与官军一道讨平不臣。
除了解决倭国的问题之外，西域也是重要的问题，虽然李成梁已经夺取了西域，但是也耗尽了粮秣，现在的当务之急不仅仅是增兵，更加重要的是运输粮秣，朱载坖一面命令陕西、甘肃、宁夏等地转运粮秣，由兵站都司经由嘉峪关、哈密向西域转运，同时督促张学颜迅速将从蒙古向西域补充粮秣的路线摸清楚，加强朝廷的运输能力。
同时西域经略吴兑也向朝廷上疏，请求在乌鲁木齐地区筑城屯垦，为官军日后的征战提高条件，吴兑认为原本的轮台旧城已经不能适应大明的管辖了，要在沿河修筑一座新城，同时在附近屯垦，朱载坖同意了吴兑的上疏，命令吴兑在乌鲁木齐地区择定地点，兴建城池，仍旧用轮台之名，设立轮台府，作为大明在西域的行政、军事中枢，将西域经略、提督等衙门迁移到此。
同时通过云中办事大臣张学颜和土默特部沟通，希望由土默特部派遣使者和和硕特部等予以交涉，以和硕特部和大明封贡为条件，采取羁縻的形式对和硕特部加以控制，使得和硕特部能够作为大明的藩篱，同时朱载坖还在与重臣们商量移民的事情。
由于现在大明的人口多在南方，而经过几轮大规模的移民之后，北方的流民已经很少了，而且西域等地一向被内地的百姓视为苦寒之地，不到万不得已是不愿意去的，之前中原、北直隶等出流民
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