对于这点，其实朝廷上下并没有多大的异议，大理寺作为三法司之一，却是唯一一个正三品衙门，确实是极为不合适的，这点大明的官员们也是很清楚的，要发挥大理寺的复审职能，就必须加重大理寺的权力，对于刑部和都察院形成制衡。
除了将大理寺升格为大理院之外，朱载坖还对于三法司的职能予以调整，将审判职能全部转移到大理院，而刑部则是成为内务部门，原本刑部直接处理刑事案件，既负责侦查，又负责初审，权力极重，大理院和都察院都难以实施有效的监督，毕竟刑部自己就能够将整个案件处理完，不管是都察院的监察还是大理院的复审，都是事后的监督。
再加上大明的案件何其众多，大理院也不能够对所有的案件和所涉人等予以一一复核，往往是通过查阅案卷来实施复审的，如果再让刑部一家专管初审的话，各种冤案绝对会层出不穷的。
所以朱载坖决定对于三法司的职能予以调整，将审判权力从刑部移送大理院，而刑部而成为侦查机关，针对大理院的改革主要是对于京师大理院和地方各级分司衙门，在京师大理院，设立大理卿一人，秩正二品，负责天下案件的审理、复核以及对于冤假错案的平反等，其下设有大理少卿两人，协助大理卿执掌院事。
同时按照都察院的建制按省直设立各司，负责按照地域对于大明全国各地的上诉、申诉案件予以复核，还要设立慎刑和京控二司，慎刑司负责大明全国的死刑复核，恢复唐制，死囚三复奏，在大理院核准之后，执行前需三次奏报皇帝，由其勾决，由大理卿亲自呈报，以示慎杀之意。
而京控司专门负责接收对于地方审断不公的申诉，还有对于地方法司审断不公的控诉，而在地方，建立起各省直大理寺和各府州大理分司的体制，以府州为单位，建立大理分司，负责地方的案件处理，而在县一级，则是由大理分司派遣推官，巡行轮流到各县受理相关案件，行使初审权，防止推官久居一地，得以舞弊。
这样一来，就是司法权从地方州县衙门予以剥离，收归朝廷掌握，这样尽可能的避免冤假错案，而审判权被转移到了大理院之后，刑部的职权并没有因此减轻，刑部虽然被剥夺了审判权，但是成为内务机关，所管理的事项比之之前是更加复杂了，巡检总署被调整为刑部直属的从二品衙门，同时将原本有巡检总署掌握的户籍
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