同时实施直隶府制度，对于一些重点地区，要有朝廷直接管理，知府可以直接向朱载坖密疏上奏，同时知府也从正四品升格为从三品，朱载坖在和吏部等衙门商量了之后，决定以天津府、苏州府、松江府等九府率先直隶，作为朝廷的试点，直隶府的赋税钱粮刑名等机构都比原本要庞大一些，而且直接向朝廷相关衙门负责，不受地方布按二司的负责，这样方便朝廷直接掌握一些关键地方。
而朱载坖现在最关心的自然还是西域的战事的，在开春之后，直到四月份朝廷才再次和庭州取得联系，李成梁牢牢守住了庭州，在经略西域吴兑和征西副将军麻贵的指挥下，官军大举修复车师古道，向庭州转运援兵、粮秣和各种物资、器械，李成梁也在积极修复庭州的相关城防设施，同时接纳屯垦卫所，开始在庭州屯垦，为官军提供粮秣。
同时兵部尚书、经略西域兼安西大都护吴兑向朱载坖上疏，他认为朝廷现在对于回教的策略应当予以变更，应该是“不论汉、回，只辨良、匪。”现在朝中的很多重臣对于回教都是极为防范的，甚至是深恶痛绝的，尤其是陕甘出身的官员们，以右都御史温纯为代表，他们就认为“秦中士大夫恨回至深，言及回事，必云尽杀乃止。”
但是现在回教已经在西北扎根了，要想彻底清除，是不太现实的，对于朝廷来说，现在重要的是收复西域，至于回教的事情，可以另行议处，不可操之过急，吴兑在奏疏中称：“即如汉回争哄，致成浩劫，力主剿洗，万口一声，生心害政，实由吠影吠声致然。一本天地父母之心待之，必使各得其所，各遂其生，自然感孚侠洽，无有自外生成阻我声教者也。修其教，不易其俗，明其政，不异其宜。”
同时西域的现状是互相杀戮，视屠城、血洗为常事，而朝廷兴仁义之师，吊民伐罪，务必要严肃军纪，以争取西域的民心，吴兑在奏疏中说道：““以爱民为第一要义，庶成仁义之师，爱民则造福，扰民则造孽。用兵之道，纪律为先；驭将之方，赏罚为要。”
要严肃军纪，争取民心，同时在西域要屯垦戍边，在西域征战，重点是控制关键的节点和道路，除了现在已经被官军所控制了车师古道之外，乌孙古道也是极为重要的，乌孙古道北衔准噶尔盆地，南控塔里木绿洲，是贯通天山南北的咽喉，历史上许多游牧民族都要争夺这块宝地。公元前
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