朱载坖很清楚，苏松巡抚之所以效果不好，除了南六部的掣肘之外，还有就是苏松地区本身的事务繁忙，这点在一些经济发达地区已经有所显现了，除了苏松之外，杭州、广州等地，地方官府事务繁杂，甚至连布政使司和巡抚都难以处理也是已经是很正常的事情了。
朱载坖自然是对于南京六部的职权要予以调整了，大明实施的两京制，不管是京师顺天府还是南京应天府，都是大明的都城，在政治地位是是平等了，作为大明的留都，南京也有一整套的中枢行政班子，而且和京师是级别一致的，虽然南京六部等衙门在实际权力上肯定是不能够和京师的部院衙门相比的，但是在地位是平等的。
用大明会典中的话来说就是：“江南财赋之地，无事则已，有事则南北阻绝，故特重也。”朝廷在南京设立六部并且保留相应的职权，主要原因是为了加强对于东南的控制，但是随着情况的变化，南京六部现在反而成为朝廷加强对于地方控制的障碍了，这点是朱载坖这次相关改革的核心的问道，就是明确南京六部和朝廷的关系。
以户部为例，在之前的朝廷建制中，南京户部作为大明留都财政部门，与户部同属中央机构，且两京户部属官品秩相同，在形式并没有隶属关系，而南京户部有自己的财政收入来源和开销途径，因而在一定程度上拥有不同于地方机构的独立性。南户部和户部成为了两个财政机关。
在财政收入方面，南京户部有自己的银库、仓储收入用于本部相关事务的支用，之前的规定是本色稍有赢余，亦听南部自折自用，而南部户部由于掌握着南直、湖广、江西等地的起运钱粮的运输、储存等事，其财政状况是远远好于京师户部的，在之前财政宽裕的时候，经费各有正额，仓不借库，库不贷仓，北不需南，南不输北，以一岁之入供一岁之出，充然足用而不穷，南北两京户部各司其职，互相负责自己的地域。
但是从正统之后，朝廷的开支紧张，为了弥补朝廷用度不足，户部也就打起了南京户部钱粮的主意，但是户部要想支用南京户部钱粮，必须要请旨之后得到准允才行，户部对南京户部财政收入无权直接调拨，即便是朝廷用度最艰难的嘉靖年间，时任户部尚书的方钝要想支用南京户部的钱粮，也要上疏嘉靖，以急于星火，而无地可复加派，无处可吏搜括为理由，请求嘉靖圣裁之后以借
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