在处理了这些事情之后，朱载坖关注的仍旧是海关关税的问题，在很长一段时间，海关关税都是大明财政的重要来源，朱载坖不得不重视此事。
海关关税主要有两部分构成，第一就是船钞，也就是针对商船征收的赋税，是依据商船的大小等级而征收的关税，按照规定所有类型的商船都要征收船钞。按照船只的大小，分为三等，第一等船征银三千五百两，第二等船征银三千两，第三等船征银二千五百两。
第二就是对于货物征税，主要是出口关税和进口关税，对于大明来说，进口关税显然是更多的，按照大明现在征缴原则，主要是实施比例征缴，即估算进出口货物的价值之后，按照这个价值乘以相应的税率，作为商人应交的税款，以大明出口的大宗产品来看，茶叶大概是十分之一，棉布、瓷器税率为百分之十五，丝绸税率为百分之二十。
除了这些有明确税率的货物之外，还有就是一些朝廷并没有规定税率的货物，统称为杂货，对于这些杂货，则采取估值课税的办法，统一税率为十分之一。除此之外，还有一些免税项目，比如因贡而来者，税应免则免之，专以市而来者，货应征则征之，此海外诸番所以畏怀也。
对于海外贡使的船只，照例是免征各种赋税的，还有就是运米免税的政策，专运粮食的船只，免征一切赋税，运米五千石者，减十分之五，运米两千石的，减十分之二，还有一些特殊商品也可以享受税收的减免，主要是朝廷所急需的药材、硝石、硫磺等军需物品，都可享受赋税的减免的。
对于大明现行的海关制度，朱载坖还是基本上满意的，现在的赋税征缴还是比较得力的，不过也有一些问题，就如船钞来说，只分三等，显然是有过于儿戏了，而且大明船只和西洋船只在载重上是有区别的，要细化船钞的征收则例，除此之外就是行商和杂项赋税的管理问题了。
杂项赋税，其实就是规费，这种东西在大明是一点也不稀奇的，海关的杂项赋税门类一样很多，主要包括平余、漏税罚科、员役截旷、载货规银、车轿银、水手把港钱还有大头火耗，这些银子之前归海关总署支配，虽然也有账目上缴户部，但是朝廷对于这些的监管还是不强的，朱载坖决定加强对于这些规费的监管，除了用于海关的办公和给海关各级官吏的加俸之外，也要上缴太仓。
还有就是行商的管理，这些外国
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