南京是大明的留都，朝廷在这里配置了重兵，用以保证的留都的安全，南京京营主要负责在大、小教场操练南京诸卫所轮班官军，同时操练的有南京神机营。此外，又设池河营于江北，专城守、护陵寝。嘉靖二十四年，设立振武营，选南京各营锐卒及淮安府、扬州府丁壮者充任。池河营、振武营各有营兵三千。
除了南京京营之外，还有南京卫所，隶属南京五府的南京卫所共计三十二卫、二所，还有南京亲军诸卫，一共十七卫，金吾前后左右卫、羽林左右前卫、府军卫、府军左右前后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫、江淮卫、济川卫还有孝陵卫，卫所官军众多，但是现在屯田被侵占，士卒也逃亡不少，朱载坖命令整顿南京和南直隶卫所。
除此之外，朱载坖最关心的就是广西的战事了，按照朱载坖之前的命令，有关广西的军情之前送达南京，朱载坖仔细查看了从广西发来的战报，冬春季节，气候反而对官军有利，因为两广气候温暖，雨水丰沛，光照充足。夏季日照时间长、天气湿热，冬季日照时间短、天气干暖。
冬春季节雨水少，对于官军来说便于机动行军，同时叛军久攻城池不下，军心士气也大不如前，官军的各路援军也在逐渐抵达，刘綎也抵达广州接过指挥权了，在刘綎的指挥下，广西官军仍旧坚守城池，广东官军在肃清广东境内的叛军之后，开始向广西进军，叛军主动放弃了围城，准备伏击官军，不过刘綎对此早有准备，叛军多次伏击均未能奏效。
官军已经进入广西，解梧州之围，各路援兵将叛军向安南方向压缩。不过殷正茂也上疏向朱载坖坦陈，叛军主力尚未收到相当的损失，未可轻敌，这点得到了朱载坖的认同。
朱载坖将广西的奏报给戚继光看，询问戚继光的看法，戚继光认为现在刘綎的战法是正确的，官军进占梧州，吸引叛军的注意力，而沐昌祚指挥云南方向的官军截断叛军和安南的联系，使得叛军陷入官军广东、云南、贵州、湖南四个方向援兵的打击，官军要想取胜，就相对容易的多了。
对于戚继光的判断朱载坖还是相信，这些叛军虽然能够聚集起十数万之众，但是毕竟是乌合之众，看起来声势浩大，但是只要官军援兵抵达之后，他们肯定不是官军的对手，但是朱载坖关心的不是这些，讨平这些叛军，在朱载坖看来，不过是时间问题罢了，朱载坖关心的是
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