因为朝廷实行了海漕并举之后，漕粮的主要部分是从松江府起运通过海运到天津的，原本的漕运地位降低，朝廷对于运河的投资肯定是会减少的，但是朝廷也做了相应的补救措施，因为运河现在仍然是沟通南北的重要手段，所以朝廷命令在运河上设立钞关，提高运河的过路费，然后从钞关税收中拿出一部分来作为修河费用。
但是现在看来，这部分费用显然没有落到这些修河的百姓手上来，因为就朱翊釴的巡视所见，山东各州县仍旧是采取佥发的形式直接征调百姓来修河，这就导致百姓缴纳了折色赋税，却还要被拉来修河，不过地方官府也不敢做的太过，倒是管了饭，朱载坖得知消息之后立即将命令都察院查察，对于这些贪官污吏，绝不姑息。
同时朱载坖命令朱翊釴先赴南京，祭拜孝陵之后先送端王之国在巡视浙江等处。
没了朱翊釴的帮助，朱载坖的工作量就变大了，基本上都是在文华殿批阅奏疏，每晚都要到深夜才能够结束。朱载坖最近比较关心的是有关安南的事情，据两广总督殷正茂奏报，安南都统司现在不是黎朝的对手，很多黎朝旧臣或隐匿山林，或逃往外国，或隐名埋姓，归之者寥无几人。更有慷慨激昂之士，因痛恨莫氏奸恶行为而聚集义士，起兵攻伐，面对黎朝的反攻，安南都统司根本无力招架。
据殷正茂的奏报，安南黎朝僭越帝号，封翼郡公郑松为都将，节制各处水步诸营，兼总内外平章军国重事太师、谅国公。凡阃外兵权，国家事务，谋略筹划，远近封拜，皆得便宜裁决然后奏闻，郑松也在积极谋划消灭莫氏和安南都统司，虽然大明已经多次予以干预，但是郑松根本不为所动。
殷正茂在奏疏中说：“黎莫交构已久，未揣存绝，先年姑待莫登庸不死，许备藩篱。一旦遽称郑松假称黎氏，迫逐敦让亡命至此。查得莫茂洽若果被害，敦让系彼尊属，或惧及祸。但既称莫敬邦与郑松交锋未决，因何先事告急，能无他虞？兽穷则斗，蓦近内境，能无惊扰？”
殷正茂担心的是安南的内战影响到大明的两广，而且黎朝来势汹汹，看来极不恭顺，所以殷正茂请求朝廷早做处断，朱载坖在收到了殷正茂的奏疏之后，连夜详细查看了相应的情况之后，第二天就召集重臣们商量此事，对于安南的事情，一部分臣子认为应当镇之以静。
次辅张四维就说道：“陛下
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